SPAM Kebon Agung adalah pembangunan tahap kedua setelah SPAM Bantar, yang bertujuan untuk memperluas distribusi air bersih ke Sleman, Bantul dan Kota Yogyakarta. Sistem ini mulai beroperasi pada Agustus 2023 dan mengambil air baku dari Sungai Progo yang berlokasi di Sumberarum, Moyudan, Sleman. Unit pengolahan berada sekitar 12 km dari sumber pengambilan air baku dengan sistem perpompaan. Setelah diproses, air bersih dialirkan ke reservoir di Donokitri, Gemawang, Bedog, Tambak dan Kadisobo sebelum didistribusikan ke masyarakat. Dengan kapasitas distribusi pelayanan 300 liter per detik, hasil pengolahan SPAM Kebon Agung ter-interkoneksi dengan sistem SPAM Bantar pada titik Reservoir Kronggahan untuk memastikan pasokan air yang lebih luas dan merata.
Selanjutnya, air yang masuk ke sistem akan melewati Bak Prasedimentasi , tempat partikel besar seperti pasir, kerikil, dan lumpur kasar mengendap secara alami dengan bantuan gravitasi. Proses ini berfungsi untuk mengurangi kekeruhan air dan menjaga kebersihan tahap pengolahan berikutnya.
Di gedung ini, air baku diproses dalam empat tahap utama untuk menghasilkan air bersih. Pertama, Koagulasi, di mana bahan kimia ditambahkan agar partikel kecil dalam air saling menempel. Lalu, Flokulasi, di mana gumpalan partikel diperbesar dengan pengadukan perlahan agar lebih mudah dipisahkan. Setelah itu, air memasuki tahap Sedimentasi, di mana gumpalan yang telah terbentuk dibiarkan mengendap di dasar bak, sehingga partikel padat dapat dipisahkan dari air yang lebih jernih. Terakhir, Filtrasi, yaitu penyaringan melalui media khusus untuk menghilangkan sisa kotoran dan kontaminan. Dengan proses ini, air menjadi jernih, aman, dan siap digunakan.